2018-10-14

Propädeutikum Programmierung in der Bioinformatik

Neuigkeiten

  • (25.11) Beta-Version des Cheatsheets hochgeladen. Eine (noch nicht vollständige) Version einer Zusammenfassung des Propädeutikums ist jetzt unter den Materialien verfügbar. Diese wird im Laufe des Propädeutikums noch einige male verändert und erweitert, aber könnte für euch jetzt schon hilfreich sein.
  • (26.10.) Kennung und Registrierung zur Benutzung des CIP-Pools sind notwendig, auch wenn ihr euren eigenen Laptop nutzt. Wenn noch nicht geschehen, bitten wir euch um Folgendes:
    • erstellt euch eine Kennung zur Anmeldung an den CIP-Rechnern (Informationen auf Deutsch und auf Englisch),
    • und füllt danach dieses Formular zur Benutzung des CIP-Pools Amalienstraße aus. Hierzu benötigt ihr eure Kennung und ein Passfoto. Das ausgedruckte Formular muss dann im Sekretariat der Amalienstraße bei Frau Schneider abgebeben werden.
  • (13.10.) Leider müssen wir den ersten Termin für das Propädeutikum auf Dienstag den 22.10. verschieben. Grund dafür sind die Bauarbeiten im CIP-Pool in der Amalienstraße, der erst im Laufe der nächsten Woche wieder eröffnet wird.
  • (13.10.) Die E-Mails mit der Gruppeneinteilung wurden verschickt. Wenn ihr trotz Eintragen auf der Anmeldeliste an den Einführungstagen keine E-Mail erhalten habt, kann es sein, dass wir eure E-Mail Adresse falsch abgetippt haben. In dem Fall meldet ihr euch am besten per E-Mail (siehe unten) bei uns.

Inhalt

Zu Beginn jeder Vorlesung stellen wir in einem kleinen Vortrag grundlegende Konzepte der Java-Programmierung vor. Diese übt ihr danach anhand praktischer Programmieraufgaben mit unserer Unterstützung ein. Nach Weihnachten nehmen wir dann mit euch ein anspruchsvolleres Bioinformatik-Projekt in Angriff.

Es sind absolut keine Vorkenntnisse in der (Java-)Programmierung notwendig.

Die Veranstaltung ist freiwillig und es gibt dafür weder ECTS Punkte, noch eine Semestralklausur. Die Teilnahme ist allerdings empfehlenswert zur Vorbereitung auf das Tutorium (2. Semester) sowie das Programmierpraktikum Bioinformatik (3. Semester), da dort praktische Programmierkenntnisse nötig sind.

Allgemeines

  • Es kann sowohl an Desktop-Rechnern im CIP Pool, wie auch am eigenen Laptop gearbeitet werden. Bei Arbeit am eigenen Laptop können wir allerdings keinen Support garantieren. Jeder der am eigenen Laptop arbeitet ist für seinen Rechner selbst verantwortlich.
  • Um im CIP-Pool zu arbeiten müsst ihr euch alle eine CIP-Kennung anlegen (Informationen dazu auf Deutsch und auf Englisch), und zusätzlich dieses Formular zur Benutzung des CIP-Pools in der Amalienstraße ausfüllen. Zum Ausfüllen benötigt ihr eine CIP-Kennung und ein Passfoto. Das ausgedruckte Formular kann anschließend bei Frau Schneider im Sekretariat abgeben werden.
  • Wer am eigenen Laptop arbeiten will, sollte sich am besten vorher um die Konfiguration von eduroam (Uni-WLAN-Netzwerk) kümmern.
  • Um den Ablauf beim ersten Termin zu beschleunigen, empfehlen wir bei Verwendung eines eigenen Laptops bereits vorher zwei Dinge zumindest herunterzuladen (wenn ihr euch die Installation nicht zutraut helfen wir euch dabei gerne beim ersten Termin):
    • das Java Development Kit (JDK). Entweder das Oracle JDK oder das quelloffene OpenJDK, das allerdings auf Windows/Mac-Rechnern nicht ganz so einfach zu installieren ist.
    • die Java-Entwicklungsumgebung IntelliJ IDEA Community Edition. Es darf selbstverständlich mit jeder anderen Entwicklungsumgebung gearbeitet werden, alternativ bietet sich beispielsweise Eclipse an, das auf den CIP-Rechnern bereits vorinstalliert ist. Bei diesen Alternativen können wir allerdings weitaus weniger Support bieten.

Ort, Zeit und Gruppen

Jeden Dienstag im CIP Pool der Amalienstr. 17

  • Gruppe 1: 10:15 bis 11:45 (s.t.)
  • Gruppe 2: 12:00 bis 13:30 (s.t.)

Eine Anmeldung für das Propädeutikum ist nicht nötig. An den Einführungstagen wurde eine Liste durchgegeben, auf der sich Interessenten unverbindlich eintragen konnten. Anhand dieser Liste wurden beide Gruppen eingeteilt.

Wer nicht auf den Einführungstagen war oder sich nicht eingetragen hat, ist trotzdem immer willkommen im Propädeutikum. Kommt einfach zu einer der beiden Gruppen und macht mit. Falls die jeweilige Gruppe zu voll sein sollte, werden wir euch einfach für den nächsten Termin in die andere Gruppe einteilen.

Tutoren der Fachschaft

  • Thomas Mauermeier
  • Leopold Endres
  • Christian Hoffmann

Bei thematischen wie organisatorischen Fragen sind wir erreichbar via tutorium@bio.ifi.lmu.de

Material

Allgemein:

22.10.2019 – Java Grundlagen 1:

29.10.2019 – Java Grundlagen 2:

05.11.2019 – Java Grundlagen 3:

12.11.2019 – Collections:

19.11.2019 – Klassen und Objekte:

26.11.2019 – Klassen und Objekte 2:

03.12.2019 – Grundlagen der OOP: